À Nairobi de nos jours. Kena et Ziki sont deux lycéennes dont les chemins se croisent par l'intermédiaire de leurs pères qui s'opposent lors d'une campagne électorale. Elles deviennent amies, tombent amoureuses l'une de l'autre et se retrouvent vite confrontées aux préjugés tenaces d'une société dans laquelle, comme le dit la réalisatrice, « réaliser un film sur deux femmes amoureuses au Kenya revient à bousculer le cynisme profondément ancré dans la société concernant l'homosexualité à la fois auprès des acteurs, de l'équipe, de mes amis et de ma famille ».

Premier film kényan à être sélectionné au Festival de Cannes, et véritable ode à l'amour d'une grande délicatesse, Rafiki est un film sur, selon Wanuri Kahiu, « la beauté et la difficulté de l'amour, les moments précieux pendant lesquels on s'élève au-delà de nos préjugés ». Ce qui ne doit pas être l'avis de son propre pays puisque le film y est interdit.