Sous les pavés des rues de Cheesebridge vivent Les Boxtrolls, qui sont de gentils petits monstres explorateurs de décharges et collectionneurs de déchets. Ils ont élevé comme l'un des leurs un petit humain orphelin prénommé Eggs. Mais un jour, les Boxtrolls deviennent la cible d'un infâme dératiseur…

Ce film en stop-motion est inspiré d’un roman d’aventures fantastiques, Les Chroniques de Pont-aux-Ratsde l'auteur et illustrateur britannique Alan Snow.