Le réalisateur de Mon voisin Totoro et de Porco Rosso nous entraîne sur les traces de Sheeta, une petite fille enlevée par des pirates de l’air, et poursuivie par l’armée, elle aussi, très intéressée par la mystérieuse pierre bleue qu’elle a en sa possession.
Sautant dans le vide pour leur échapper, elle est sauvée par un jeune pilote d’avion, Pazu.
Grâce à lui, et à son fameux médaillon, Sheeta tentera de rejoindre Laputa, et de percer les secrets de cette forteresse des airs.