2563. À la suite d'une guerre, la Terre est transformée en décharge par une élite, réfugiée dans la ville flottante de Zalem. En dessous se trouve Iron City, ville de chasseurs de prime et de criminels. Le Docteur Ido y découvre une cyborg amnésique qu'il répare. Alita va se révéler très douée pour la bagarre et le Motorball, un dangereux jeu de roller où tous les coups sont permis. Des ennemis mystérieux se lancent à sa poursuite, et de sa victoire dépendra la vie de ses nouveaux amis...

Une interprétation audacieuse du manga Gunnm, de Yukito Kishiro.