Batman est acclamé en héros par les habitants de Gotham, qui le voient comme leur seul espoir contre leurs nombreux ennemis. Par contre, quand la nouvelle commissaire, Barbara Gordon, vient lui demander de travailler en équipe plutôt que de combattre en solitaire, Batman ne l'entend pas de cette oreille. Mais s'il veut libérer la ville des griffes du Joker, il lui faudra arrêter de jouer au justicier masqué et découvrir le travail d'équipe. Arrivera-t-il à sauver la ville ?

Trois ans après La Grande Aventure Lego, Batman se retrouve sur le devant de la scène pour une aventure pleine d'humour et de rebondissements.